胃腸道間質瘤可分為良性、潛在惡性、惡性三類。根據其四個亞型以及腫瘤大小和細胞核分裂情況可進一步分類，具體如下：

1、平滑肌分化型有良性腫瘤的可能性；神經分化型多為惡性腫瘤；平滑肌和神經共同分化及未分化型多為潛在惡性、惡性腫瘤；

2、根據腫瘤大小、分裂象判斷惡性標準：胃內腫瘤＞5.5cm、小腸腫瘤＞4cm多為惡性；高倍視野下，超過5個分裂象的胃內腫瘤、超過1個分裂象的小腸腫瘤多為惡性。

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