胃間質瘤同時具備良性特質與惡性特質，無法簡單判斷其良惡性。根據腫瘤的大小，將胃間質瘤區分為三類：

1、低度惡性：如直徑為幾毫米的胃間質瘤，通常判斷為低度惡性或趨於良性，此類腫瘤往往只需定期檢查；

2、中度惡性：若腫瘤直徑達到2-3cm，則判斷為中度惡性，此時需通過手術進行治療；

3、高度惡性：若腫瘤達到5cm以上，則為高度惡性，需及時進行手術治療，以防危及生命。

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