結核診斷的金標準，主要是痰中發現結核桿菌或者培養時發現了結核桿菌，但75%的肺結核患者是痰菌陰性的肺結核，較難查到結核菌。

所以大多數的肺結核診斷靠臨床醫生的經驗，主要結合患者的症狀、CT的表現、支氣管鏡的檢查、血常規、血沉、PCR基因檢測、二代測序或者PPD試驗等，通過綜合的分析得出初步的診斷，然後進行抗結核治療來進一步驗證。在這些診斷標準當中影像學檢查，如CT和胸片是診斷的重要依據。

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