先天性甲狀腺功能減退症可引起呆小症，患兒除了身材矮小以外，同時還伴有智力發育遲緩，起病得越早提示病變越嚴重。如果治療不當可造成永久性的智力低下，患者還可發生聾啞或者肢體畸形。

先天性甲狀腺功能低下常見的原因有缺碘，還有先天性甲狀腺不發育，或者口服過量的抗甲狀腺藥物的孕婦的嬰兒。現在這種孩子已經很少了，因為在出生兒都會查足跟血，檢查甲狀腺激素的水平。如果有甲減是會採取早期治療的，給予左甲狀腺激素終身替代治療。發現的越早，治療的越早，恢復的也就越好。

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