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乳頭瘤在診斷上有一些問題，在皮膚科其實指的是乳頭瘤病毒HPV感染會引起一些皮膚的疣狀突起，臨床上的尋常疣、扁平疣、跖疣或者尖銳濕疣，是由於乳頭瘤病毒感染的疣狀突起或鱗狀細胞的增生，這種的把病變局部處理掉，如冷凍、雷射，如果範圍比較廣可能會用一些干擾素去進行身體對病毒的控制。

實際上在其他科也有一些乳頭瘤的診斷，像耳鼻喉科的鼻部、咽部的乳頭瘤，臨床也是一個症狀性的診斷，如瘤狀突起、肛門的乳頭瘤的表現或者宮頸，跟病毒沒有直接關係，也許有相關，但跟乳頭瘤感染的疣狀損害不是完全一回事。

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