熬夜頭疼多是由於機體沒有得到很好的休息，精力和體力沒有得到恢復。

在人體的調節過程中有一個生物鐘，這個生物鐘就是讓正常人晚上休息，白天工作，如果持續的生物鐘逆向走，生物鐘的調節就會紊亂。首先發生的是機體免疫力下降，容易發生很多感染性疾病以及自身免疫性疾病。

經常熬夜過度的人可以導致睡眠時差整個紊亂，還可出現頭疼、頭暈、記憶力減退，有些患者還可發生壓力性體重增加，也稱壓力性肥胖。

如果不是特殊的情況，不建議患者經常熬夜，如果熬夜，應該立即休息，減輕對大腦神經的刺激。

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