自身免疫性腦炎一般是因為免疫性因素所造成，需要觀察患者的血壓、呼吸、心跳等狀況，因為有些患者累及到腦幹引起腦炎，會影響呼吸、心跳、血壓，這個時候需要用呼吸機來維持呼吸，避免發生嚴重的不良反應。

腦炎的患者意識下降或者昏迷，這種情況要注意多翻身、拍背，避免發生肺部感染、尿路感染、褥瘡，以及下肢深靜脈血栓形成，會導致肺動脈栓塞等併發症。要積極的治療，給予免疫球蛋白、血漿置換以及激素的衝擊療法，對症治療、支持治療來改善自腎免疫性腦炎造成的症狀。

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