自身免疫性腦炎總體預後良好，部分患者病情穩定後好轉，但是有少部分的患者可以復發，抗NMDA受體抗體腦炎患者復發率為12%-31%，可以單次發作，也可以多次復發。

復發的間隔平均時間是五個月，復發時的病情通常相對較輕，而重症抗NMDA受體腦炎，病死率為2.9%-9.5%，而抗LGI1抗體相關腦炎患者的病死率達到6%。所以總體來說自身免疫性腦炎預後相對良好，有一定的復發率，病死率6%左右，通過積極的早期治療和後期的康復訓練可以保存認知功能和改善症狀。

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