腦栓塞溶栓治療的時間窗是前循環，就是大腦頸內動脈系統，包括了大腦中動脈、前動脈的分支，是3個小時。後循環是椎基底動脈系統，是4.5小時。只有在這個時間窗內到達醫院診斷清楚了，用上藥是可以進行溶栓治療的。

在治療時間窗內使用上阿替普酶，可以有效地溶解血栓。另外，可以減少出血的風險。如果超過了治療時間窗，可能引發的出血風險就高了。腦栓塞是一個非常急的疾病，一定在最短的時間內到達可以溶栓的醫院進行溶栓治療，這是唯一能夠打通血管的治療手段。

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