直腸瘺是否需要手術治療，並非根據瘺口大小決定，而由疾病的性質決定。通常直腸瘺難以自愈，都需要進行手術治療。直腸瘺的患者可出現反覆感染，長期反覆出現直腸瘺相關症狀，如疼痛、分泌物增多，甚至出血、發熱等嚴重問題，以上不良體驗可能影響到患者的生命質量。因此一旦診斷明確，應及時進行手術治療。

直腸瘺患者的手術治療通常不能無限期拖延，在診斷明確後，需要儘早手術。手術是治療直腸瘺的有效手段，目前沒有其他的治療方法能夠代替手術。