甲胎蛋白是篩查早期肝癌的腫瘤標誌物，如果患有肝癌的患者會出現甲胎蛋白的明顯升高以及肝臟占位性病變，這時需要進一步進行CT或者磁共振的檢查，明確是否有肝癌的存在。

但甲胎蛋白檢測指標的敏感性和特異性都不高，有很多其他疾病也會導致甲胎蛋白升高，例如肝功能損傷也會導致肝細胞的修復分泌甲胎蛋白，而部分肝硬化的患者也會有低濃度的甲胎蛋白升高，轉移性的腫瘤，例如胃癌或者是卵巢癌以及生殖細胞腫瘤，也會導致甲胎蛋白的升高。因此發現甲胎蛋白升高，需要明確病因，對因治療。

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