支原體腦炎會出現支原體感染的表現，主要有發熱症狀，還會有頭痛伴噁心、嘔吐、視乳頭水腫等腦內壓增高的症狀，累及到腦膜會表現為腦膜刺激征、頸項強直、克氏征陽性、布氏征陽性，以及損傷大腦半球的部位，會表現出運動障礙、感覺障礙、視野障礙。

同時，支原體腦炎如果累及到邊緣系統和顳葉、額葉，會表現出神志淡漠、精神症狀、幻覺症狀，還會出現癲癇發作，以及一些植物神經的症狀。

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