尿道衣原體的感染常見於非淋菌性尿道炎，非淋菌性尿道炎的治療要根據病原體來選擇抗生素。主要是針對衣原體和支原體，推薦的治療方案為口服阿奇黴素，替代的方案為口服紅黴素，或口服氧氟沙星、左氧氟沙星。

患者的性伴侶須同時檢查治療，在治療結束前或口服單劑藥物治療等時，雙方應避免性接觸，只有症狀而無尿道炎體徵，或實驗室證據不足以作為復發的根據。治癒的標準為臨床症狀消失一周以上、尿液澄清、尿道口無分泌物、尿沉渣鏡檢陰性、尿道刮片陰性、宮頸刮片陰性，且支原體、衣原體的檢測陰性。

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