甲硝唑氯化鈉注射液一般用於治療厭氧菌感染，也用於治療嚴重的滴蟲感染，所以常用來治療盆腔炎以及特殊類型的陰道炎。盆腔炎是女性常見病，表現為下腹痛，有時有發熱，查體附件區增厚、壓痛，是盆腔炎的特異體徵。對於盆腔炎，首選抗生素抗感染治療，選擇頭孢類抗生素頭孢曲松、頭孢克洛或者喹諾酮類抗生素拜復樂、利復星或者阿奇黴素，聯合甲硝唑治療，既抗厭氧菌，也抗需氧菌。甲硝唑氯化鈉注射液有時也用於治療嚴重的細菌性陰道病或者滴蟲性陰道炎，當然對於這兩種陰道炎，一般選擇口服甲硝唑治療以及外用甲硝唑栓治療，只有嚴重情況下才選擇靜脈用藥。