非典型自閉症治癒也很困難，這種疾病是自閉症的典型症狀不全部具備，只有部分的症狀治療與典型的自閉症治療方案相似。如果有精神症狀，可以合併用抗精神症狀的藥，主要以康復訓練為主，目前治療有ABA的訓練方法，如果合併有多動，可以用托莫西汀以及哌甲酯治療。

如果有焦慮、強迫的症狀，可以使用抗強迫、抗焦慮的藥物治療。典型的自閉症的患者主要表現有社會交往障礙、語言障礙，以及刻板、重複的行為動作，可以伴有智力障礙和精神症狀。刻板重複動作即在一個地方站著不動，或者有機械的動作，觀看物體的某一個屬性。交往障礙是不能和父母、小朋友，建立很好的依戀關係和夥伴關係。有語言障礙主要是不能理解別人的意思，稍微複雜的語言不能理解，不能理解人稱代詞，如你、我、他。患者需要及早治療、及早進行康復訓練，對預後都有非常好的幫助。