一般腦部CT不如磁共振清楚，CT和磁共振都可以反應顱內的情況，但是CT的清晰度和顯示病灶的能力都遠遠差於磁共振。

磁共振可以清楚的顯示病灶部位及其大小，而且在疾病的早期就能清楚的顯示病灶，例如急性腦梗死早期，在CT上24-48小時才會顯示出病灶，而在磁共振的彌散相上1.5小時就可以清楚的顯示病灶的大小、範圍。

從清晰度上來說，磁共振也比CT好，如果做血管CT成像或者磁共振成像，兩者的清晰度基本一致，血管的CTA還可以是三維立體成像。

總體來說，腦部CT不如磁共振，但有些患者的體內有金屬或者起搏器則只能做CT。