絕大部分先天性甲減並不能治好,先天性甲減它的病因主要75%是甲狀腺發育不全,而其它還包括甲狀腺激素合成障礙、中樞性的甲減。因此絕大部分先天性甲狀腺功能減退症的病因,並不能完全的治好,但是也有些新生兒一過性的甲減能夠完全的治癒,所占的比例不到10%。

先天性甲狀腺功能減退症的患者在明確診斷以後,要進行積極的治療,而且要定期的評估,評估是否為永久性的甲減。如果初始甲狀腺掃描提示甲狀腺異位或缺如,則診斷為永久性的甲減,並不能治癒。如果初始促甲狀腺激素<50mU/L,則在新生兒期後促甲狀腺激素沒有升高,可以在三歲時試驗性的停止治療,如果停止治療以後促甲狀腺激素升高,則考慮為永久性的甲減。

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