染色體平衡易位的患者進行三代試管，相比於正常進行試管嬰兒的成功率較低。因為平衡易位的患者僅1/18是正常的胚胎，1/18的胚胎是與父母雙方相同的平衡易位胚胎，另外16/18的胚胎則是異常胚胎，所以需要大量的胚胎才能夠篩選出正常的胚胎，而得到大量囊胚的機率較低。

因此，若平衡易位的患者進行三代試管，可能需要反覆、多次取卵，才能夠得到正常的胚胎。但若患者不進行三代試管而自行備孕，可能會面臨多次胎停，對女性的傷害更大。