男性生殖器皰疹通常由單純皰疹病毒2型引起，但單純皰疹病毒2型和單純皰疹病毒1型都可能引起生殖器皰疹。

研究調查顯示，約80%-90%的生殖器皰疹由單純皰疹病毒2型引起，約10%-20%的生殖器皰疹由單純皰疹病毒1型引起，同時調查發現，約80%-90%的口唇周圍皰疹由單純皰疹病毒1型引起，所以這兩種病毒和疾病之間存在一定程度的交叉性。

生殖器皰疹多由單純皰疹病毒引起，但其它原因也可導致生殖器皰疹，如外陰部位的帶狀皰疹病毒，但其診斷為帶狀皰疹，而非生殖器皰疹。

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