患者在進行小腦開顱之後，通常會遺留一定程度的平衡障礙，走路搖晃如同踩棉花感，或者類似喝醉酒樣，感覺不太穩容易摔跤，還可能出現長期的頭暈。此外，部分患者由於小腦蚓部切開，可出現長期緘默，不願意說話或出現構音障礙，說話拉長音，稱為小腦性語言，均為小腦開顱術後常見後遺症。

如果小腦病變接近於橋小腦角區，部分患者在開顱術後還會出現聽力下降、耳鳴，乃至完全性聽力喪失，並且伴有聲音嘶啞、吞咽困難、飲水嗆咳，或者面部疼痛、麻木等後遺症。小腦開顱常用於治療小腦疾患，比如髓母細胞瘤、小腦轉移瘤、小腦血管母細胞瘤。