引起毛囊炎的微生物，有革蘭氏陽性球菌、痤瘡棒狀桿菌，以及糠秕孢子菌。在毛囊炎比較輕的時候，僅僅外用抗生素的藥膏就可以，但是如果相對重一點，可以考慮口服阿奇黴素、頭孢類抗生素。針對革蘭氏陽性球菌，也可以服用米諾環素，是一種廣譜的，而對痤瘡棒狀桿菌更有效的抗生素。

如果判斷毛囊炎可能是糠秕孢子菌引起的，可以口服像伊曲康唑的抗真菌藥物。如果毛囊炎非常的嚴重，可以形成膿腫樣改變，這樣的毛囊炎可能就需要吃維甲酸類藥物才能夠控制。

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