先天性腦脊膜膨出通常需要及早進行手術治療，具體治療方法是由經驗豐富的神經外科醫生，在顯微鏡下充分游離囊壁，並分離囊頸部位與囊壁粘連的腦組織、脊髓和神經根。在此基礎上，切除大部分囊壁，修復囊頸部位的硬脊膜缺損，使硬脊膜、硬腦膜的囊腔閉合，恢復為接近正常的狀態。如果骨缺損範圍比較大，還需要進行骨缺損的人工材料修補，以避免將來該部位再次發生脊膜囊向外突出，造成腦脊膜膨出復發。