尿路感染大多數是由細菌逆行性感染引起，其中致病菌多為大腸埃希桿菌，還有些再次感染的病菌，比如變形桿菌、產氣桿菌、肺炎克雷伯桿菌等，這些菌群大多數跟病人糞便中分離出來的類似，見於留置導尿管再次感染有併發症的尿路感染的病人。還有白色念球菌，見於糖尿病或者經常使用糖皮質激素的病人，以及腎移植手術以後的病人。還有金葡菌，見於皮膚創傷或者吸毒引起菌血症的患者。

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