患者退燒後出現咳嗽有很多種原因，首先要分析發熱和咳嗽是否是同一個致病菌導致。臨床比較多見的是，患者在有上呼吸道感染的時候出現發熱，隨著上呼吸道感染症狀緩解，體溫正常，由於炎症波及到下呼吸道，因此患者出現咳嗽。早期沒有咳嗽是因為炎症局限在上呼吸道，況且是病毒感染，因此不需要治療，患者可以達到自愈。由於在上呼吸道感染期間，機體抵抗力下降，可能下呼吸道會受到不同程度的波及，尤其是在上呼吸道感染的病程中，下呼吸道的抵抗力下降，可能會繼發性的吸入空氣中的細菌，導致下呼吸道感染，因此患者出現咳嗽。

退熱後咳嗽原因很多，現在所分析的病例在臨床比較常見，可能其它因素也會導致發熱和咳嗽並不同時發生，發熱在前，咳嗽在後的情況經常會有，具體每個患者退燒後咳嗽的原因，通常要結合病史、症狀、體徵以及胸部X線、實驗室檢查等綜合分析、判斷。