NT-proBNP主要用於檢查患者是否存在心衰。如果患者因喘息、呼吸困難就診，需要判斷是心源性還是肺源性，因為心臟和肺部病變，都容易出現呼吸困難，此時可以通過NT-proBNP檢測進行鑑別。如果測定NT-proBNP水平＜450pg/ml，基本可以排除心源性的呼吸困難，考慮是呼吸道的問題。如慢性阻塞性肺疾病的急性發作、支氣管哮喘等。

如果NT-proBNP的水平明顯升高，通常支持患者存在心功能不全，喘息是由心衰所致。心衰時由於無法將血液射入主動脈，導致血液淤積在心臟，然後到達肺部，引起肺靜脈壓、肺毛細血管壓升高，甚至肺動脈的高壓。肺部壓力升高後，導致肺部血液增多，造成滲出而引起肺水腫，出現呼吸困難。所以NT-proBNP作為鑑別呼吸困難的指標，具有較大的臨床價值。