肛瘺術後住院時間需要根據病情才能決定。一般對於比較簡單、單純的低位肛瘺，住院時間比較短，一般6-7天，花費也比較少，而且預後也較好。但對於高位複雜性肛瘺，住院時間相對更長。要待掛線脫落或掛線引流，逐漸換藥，創面才能癒合，可能需要住院一個月，甚至幾個月，相應花費也較多。

臨床常會有高位複雜性肛瘺，醫生需要與患者充分溝通，如果有換藥條件或其它較好條件，也可以帶掛線回家自行換藥，使其慢慢生長和修復，可以減少住院的總體時間，還有總體花費。

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