新型皰疹病毒感染所引起的症狀跟2003年時候的SARS也就是非典型肺炎有很多很像的地方，它們都可以引起全身的症狀，比如說發熱、肌肉酸痛、關節痛、乏力，也都可以有呼吸道的症狀，比如咽痛、咳嗽、咳痰、呼吸困難、胸悶、憋氣。

另外，也可以引起其他臟器的一些病變，比如說胃腸道受損，表現為腹瀉、腹痛，所以說如果單單從症狀的話是很難鑑別這兩種疾病的，要從流行病學史和病毒相關的檢查這兩方面著手才能進行很好的鑑別。

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