通常年齡較小的孩子常會用到灌腸方法，即通過肛門給藥方式治療疾病，正常操作時通常對孩子沒有危害。肛腸給藥對於孩子而言，臨床上比較常用，如部分藥物可能口感較差，吸收也較差，通過直腸給藥方式可幫助機體迅速吸收。臨床上用於直腸給藥方式的藥物，均為適合吸收或利於通便藥物。

對於直腸給藥，部分孩子可能會出現腹部脹氣不適或因對肛門、直腸有一定刺激，可能會出現1-2天腹瀉。此外，若腸道比較空虛，則藥效相對較好，吸收也比較好，如果腸道內存在糞便，可能藥物吸收效果較差。個別情況下，如果操作不規範或操作較魯莽，可能會導致黏膜損傷，嚴重時會造成穿孔，但通常醫院正規操作造成損傷幾率較低。