百日咳主要是氣道內感染百日咳桿菌導致的急性的呼吸道的症狀，確診要知道病人的流行病學史。一般有咳嗽、咳痰的情況，咳嗽呈痙攣性，像雞叫一樣的咳嗽，這時比較典型。臨床上主要是靠細菌學培養來確定，可以用病人的痰進行培養。如果培養出來百日咳桿菌，就可以確診。另外可以用鼻咽拭子培養，如果有陽性發現，也可以確診。其他的有補體結核試驗，查一些百日咳桿菌的抗體，對於確診幫助，但是不能夠確診。

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