呼吸科主要針對下呼吸道疾病做出診斷和治療。呼吸道分為上呼吸道和下呼吸道，上呼吸道包括鼻、咽、喉等器官，而下呼吸道包括氣管、支氣管和肺臟。呼吸科主要診斷氣管、支氣管和肺臟的疾病。通常普通感冒或上呼吸道感染也需就診於呼吸科。

若患者出現過敏性鼻炎或急性扁桃體炎，通常可以就診於耳鼻喉科。所以呼吸科主要針對呼吸道疾病做出診斷和治療，尤其是下呼吸道疾病。而上呼吸道疾病，如上呼吸道感染可在呼吸科治療。通常急性扁桃體炎可以在呼吸科就診，也可在耳鼻喉科進行就診。

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