肺部炎性肉芽腫，大多數通過治療可以達到臨床治癒，不會留下什麼後遺症。少數為自身免疫系統疾病導致，治療過程中可能會出現繼發感染引起併發症，但多數通過治療也可以好轉，不排除少數併發症可以導致死亡。通常通過全身藥物治療、局部手術切除，大多數患者都可以達到臨床治癒。

因為是炎性肉芽腫，通常全身抗感染治療，能夠達到臨床治癒。但由於結構，尤其是外周有纖維結締組織包繞，以至於全身用藥不一定能很好達到局部，起到抗感染作用。因此，必要時要依據每一個患者具體情況，採取手術切除方法，使炎性肉芽腫能夠達到臨床治癒。若為結核感染導致的炎性肉芽腫，尤其是在肺部，還有異物吸入肺內，以異物為中心，周圍有炎性細胞浸潤、上皮樣細胞浸潤、結締組織包裹，局部吸收有困難，手術切除通常就可以達到治癒。