黃連素通常服用2-3天為佳，症狀改善後就可以停藥。如果服用3天後症狀仍沒有改善，腹瀉嚴重的患者應該及時就診。

黃連素也叫鹽酸小檗鹼，主要適用於腸道感染，如胃腸炎的治療。本品口服不良反應較少，偶爾可以見到噁心、嘔吐、皮疹和藥物熱，停藥後消失，需注意妊娠期頭3個月內慎重使用，溶血性貧血患者以及葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺乏患者，禁止使用本品，以免發生不良反應。本品對細菌只有微弱的抑菌作用，但是對痢疾桿菌、大腸桿菌引起的腸道感染有效。

注意含鞣質的中藥不宜與黃連素聯用，二者結合容易生成難溶性的鞣酸鹽沉澱，從而降低療效。

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