腦血管介入手術的後遺症，更準確地可以稱為腦血管介入手術的危險併發症。輕微的併發症，包括急性腦梗、腦出血，及相應血管區域夾層、小血管分支堵塞及導管內血栓脫落、氣栓發生。嚴重時會導致大面積腦梗、腦出血的發生，與手術醫生、患者血管解剖結構有直接關係。

主要後遺症為缺血，即腦梗，繼發於血管介入手術，會出現的急性腦血管閉塞。如果是小血管堵塞，則患者症狀相對較輕，通常經過一段時間的治療後，可有臨床痊癒的可能。如果患者堵塞部位較大，則後期可能會出現後遺症，包括言語障礙、吞咽功能障礙、肢體偏癱。更嚴重時，可能會出現不同程度的意識障礙，甚至危及生命。