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奧硝唑屬於第三代硝基咪唑類的抗感染用藥，而甲硝唑屬於第一代。作為第三代的代表藥物，奧硝唑主要針對厭氧菌以及原蟲、滴蟲感染。

區別就在其作用時間要比甲硝唑的作用時間長，所以相對給藥的次數降為12小時/次，甲硝唑給藥通常為6-8小時/次，降低了給藥次數。

同時由於抑菌濃度或抑菌溶度降低，抑菌作用增強，故給藥劑量相對甲硝唑較低，低劑量開始給藥。除此之外，對於奧硝唑不良反應，或者致癌、致畸等反應上面，也是比甲硝唑的毒性要低。

在臨床上大部分使用奧硝唑與甲硝唑，均為應用抗厭氧菌作用，不同醫療機構會根據不同情況，選用甲硝唑或奧硝唑。奧硝唑與甲硝唑均為處方藥，需在醫生處方指導下應用。

如果患者使用過程中出現無法耐受的反應，由於為院內用藥，可由醫護人員進行及時處理，應用較安全。