男性生殖器長疣，需要鑑別是尖銳濕疣還是尋常疣。尖銳濕疣做醋酸試驗，可發現疣表面呈白色，如果為尖銳濕疣，需及時到皮膚性病科就醫，需要用液氮冷凍或雷射治療的方法，將疣徹底除去。

如為尋常疣，可以考慮祛疣靈等外用藥物塗抹，常在標準療程治療後，疣會自動脫落。男性生殖器長疣，還見於冠狀溝一小圈肉粒樣疣，這是是生殖器珍珠疹，常不需要處理。

治療期間，患者還應避免性生活，同時加強個人衛生護理，促進恢復。