面部痤瘡囊腫是由於青春期後體內雄激素分泌旺盛，可以使皮脂腺增大，分泌較多的油質，這些油脂為毛囊內痤瘡丙酸桿菌等微生物的生長提供了油脂及厭氧的環境。痤瘡丙酸桿菌水解皮中的甘油三酯，形成游離脂肪酸，從而刺激毛囊導管處角質，形成細胞過度增殖，使皮脂排出受阻，當皮質、角質堆積在一起時，可以在毛囊口形成粉刺。

痤瘡丙酸桿菌進一步在一系列的酶的作用下產生促炎性細胞因子，細胞因子可以使炎症反應進一步加重，使毛囊壁破壞，毛囊內容物溢出到真皮，引起毛囊皮脂腺單位周圍炎症，從而出現肉眼看到的炎性丘疹、結節、囊腫等損害。