咳嗽肩膀痛首先要分析咳嗽和肩膀痛之間的關係，具體情況如下：

1、如果咳嗽在先，後來出現肩膀痛，此時需要考慮是否是咳嗽造成肩部周圍肌肉的損傷，進而出現的肩膀痛；

2、部分病人肩膀本身就存在原發疾病，如肩周炎或者存在部分骨折、肌肉損傷的問題，此時咳嗽動作本身也會加重病人的不適感覺，進而使疼痛加重；

3、部分病人可能由於肺部炎症的相應部位恰好在肩膀附近，此情況也可能會反射影響到肩膀痛的問題。特別是炎症影響到胸膜，初步出現部分胸膜病變，部分病人可以反射性的出現肩膀痛的問題。同時對於胸膜的反應來講，如果炎症到一定程度，胸水出現以後，此時疼痛症狀會得到一定明顯的緩解。

對於判斷疼痛的原因來講，影像學檢查也非常重要，部分病人肩膀痛是由於骨折或局部損傷所造成，此情況可以通過檢查和配合影像學檢查來判斷。而至於肺臟本身病變或者胸膜病變所造成的影響，也可以通過一些特殊檢查來判斷。此外，疼痛時間也是一個非常重要的因素，如果疼痛呈一過性，通常也不需要特殊處理。而如果疼痛持續存在或者陣發性加劇，則需要到醫院進行系統檢查，針對其病因進行處理。