絲狀疣的治療以物理治療，比如二氧化碳雷射、液氮冷凍，進行治療為主，不建議用藥膏進行治療。因為絲狀疣是病毒感染，這個病毒是人乳頭瘤病毒，簡稱HPV，HPV沒有特效藥物，所以治療不以藥物為主，主要是做物理治療，像液氮冷凍、二氧化碳雷射等等。

也有少數的外用藥物有治療疣的作用，可以調整局部的免疫狀態，起到抗病毒的作用，或者有腐蝕性的藥物，可以把疣給腐蝕去掉。但是作用很可能不夠，用藥的時間比較長，並且有一定的刺激性，所以不太建議使用，首選還是液氮冷凍或者二氧化碳雷射物理治療。

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