對於乙腦而言，是一種滅活疫苗，不良反應要稍高於其他的疫苗，大部分的患者可以出現發熱，大約比例在10%左右，但一般都是中等程度以下的發熱，不超過39℃，持續兩天左右，還會有部分的患者出現過敏，表現為皮疹和皮膚的瘙癢。

有些患者可以出現如消化道感染的症狀，比如腹痛、腹脹、嘔吐、腹瀉，最後有些患者可以出現感冒樣的症狀，比如鼻塞、流鼻涕、咽痛等。對於乙腦疫苗，還有少見的不良反應，包括白細胞的減少、淋巴結的腫大等。