發生於神經系統的自身免疫性的疾病有很多種。首先原發於中樞神經系統的疾病包括視神經脊髓炎、視神經脊髓炎譜系疾病、多發性硬化、同心圓性硬化等等。發生於周圍神經系統的疾病包括格林-巴利綜合徵又稱吉蘭-巴雷綜合徵。

另外發生於神經肌肉接頭處的自身免疫性疾病重症肌無力。現在把一些自身免疫性腦炎也納入中樞神經系統自身免疫性疾病的種類。所以神經系統的自身免疫性的疾病有很多種。

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