扁平疣和尋常疣不是一個病毒引起的，而是由同一種類的病毒引起的，這一種類的病毒為人類乳頭瘤病毒。

人類乳頭瘤病毒有100多種，其中有80多種與人類疾病相關，常見的引起人類扁平疣的乳頭瘤病毒有人類乳頭瘤病毒三型和五型。常見的引起尋常疣的人類乳頭瘤病毒有一型、二型、四型和七型，因此，尋常疣和扁平疣是由不同類型的人類乳頭瘤病毒引起的。它們主要是通過皮膚黏膜微小的破損口進入人體的上皮細胞，並在上皮細胞中複製、增殖，導致上皮細胞異常的增生和分化，引起上皮細胞良性的贅生物。

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