銅綠假單胞菌也叫綠膿桿菌，對部分抗生素有天然的耐藥性，如氨苄西林、阿莫西林、阿莫西林克拉維酸、一代頭孢抗生素、二代頭孢抗生素、萘啶酸、甲氧嘧啶等。此外四環素、阿奇黴素、紅黴素、螺旋黴素、林可黴素等，對銅綠假單胞菌的作用也比較弱。

臨床治療銅綠假單胞菌感染，通常用半合成的青黴素類，如三代頭孢類抗生素、四代頭孢類抗生素、三代喹諾酮類抗生素、四代喹諾酮類抗生素以及碳青黴烯類抗生素。目前銅類假單胞菌的耐藥率越來越高，臨床需要聯合使用抗生素進行治療，建議進行細菌培養跟藥敏試驗，選擇有效、敏感的抗生素，才能達到更好的治療作用。