沙門氏桿菌，一般可用氟喹諾酮類的藥物治療，氟喹諾酮類的藥物可以應用環丙沙星、左氧氟沙星。沙門氏桿菌因為常引起胃腸道的感染，口服氟喹諾酮類的藥物效果非常好，同時口服生物利用度比較高。

沙門氏桿菌感染也可以選用三代頭孢來治療，三代頭孢主要適用於革蘭陰性桿菌的治療，作用相對比較強，對於沙門菌感染有較高的敏感性，目前出現耐藥的機率相對比較低，可以選擇三代頭孢，如頭孢噻肟、頭孢曲松、頭孢哌酮以及頭孢他啶等藥物來治療。

沙門氏桿菌感染也可以選擇氨基糖苷類的藥物，比如慶大黴素，也可以選擇阿米卡星、妥布黴素。氨基糖苷類的藥物，對於革蘭陰性桿菌也有較強的治療活性。

但由於其有腎臟的毒副作用，目前臨床應用得比較少，氨基糖苷類的藥物對於革蘭陰性桿菌，保持了比較高的敏感性，尤其阿米卡星。因此對於耐藥的細菌，有時還會選擇阿米卡星來治療。

沙門氏菌感染，目前應用比較多的是以上這幾類藥物。