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鹽酸甲氧氯普胺主要具有鎮吐的作用，這個藥物是一個多巴胺第二受體的拮抗劑，同時還具有5-羥色胺第四受體激動的效應，它可以作用於延髓催吐化學感受器中的多巴胺受體，而提高催吐化學感受器的閾值，具有強大的中樞性的鎮吐作用。

另外它還能夠阻斷下丘腦的多巴胺受體，抑制催乳素抑制因子，促進泌乳素的分泌，因此也有一定的催乳作用。

這個藥物對於胃腸道的作用主要是在上消化道，它可以促進胃及上部腸段的運動，提高靜息狀態胃腸括約肌的張力，增加下食管括約肌的張力和收縮的幅度，使食管下段壓力增加，阻止胃食管反流，加強胃和食管的運動。

並且還能夠促進胃的排空，促進幽門十二指腸以及上部空腸的鬆弛。總之，這個藥物主要是改善患者胃腸道不適，適用於各種病因所引起的噁心、嘔吐、噯氣、消化不良、腹部脹滿、胃酸過多等症狀。

也可以用於反流性食管炎、膽汁反流性胃炎、功能性胃滯流、胃下垂等，另外，它也可以對胃腸道的排空有一定的作用，可以促進胃腸道的相關功能。