直腸囊腫一般為直腸附近出現囊性病變，大多數屬於良性病變。由於直腸特殊解剖部位，處理不當易造成局部感染、穿孔等。對於直腸囊腫可嘗試超聲或CT指導下進行穿刺抽吸，起到效果為最佳，但大多數無法通過穿刺得到治療效果。隨時間推移，囊腫可再次出現。

多數情況下，處理囊腫以手術切除為主，尤其直腸特殊解剖結構可通過腸鏡明確腫物或實性腫物具體來源、部位，可通過鏡下取材送病理檢查明確腫物性質。明確為惡性病變時應積極進行手術切除，並在術後根據病理報告決定是否需進一步放療、化療等綜合治療，才能真正提高腫瘤治療效果，減少術後轉移、復發可能。