病理癌基因或蛋白檢測，主要有兩個目的，具體如下：

1、診斷：因為做腫瘤穿刺活檢後，或者通過手術切除下來後送到病理科，首先要確定腫瘤是良性，還是惡性，在確定性質過程中，病理科醫生就會做癌基因或者癌蛋白的檢測。因為腫瘤細胞會表達特異性癌基因或者癌蛋白，而這些癌基因和蛋白在正常細胞上不存在，所以第一是確定診斷；

2、指導治療：因為現在有很多藥物都是靶向藥，或者更好的免疫治療，然而並不是所有病人都適合應用靶向或者免疫治療，就要通過病理科做基因或蛋白檢測進行判斷。比如一個蛋白陽性，就可以採用針對此蛋白的靶向藥，比如胃癌當中的HER-2，如果是三個加號強陽性，可以用靶向藥赫賽汀，其治療效果較好。有些靶向藥測蛋白測不出來，要測基因，例如PD-1單抗，錯配修復基因缺陷的病人應用，效果較好。所以可以通過基因和蛋白的檢測方式，尋找特效藥物。