腎結石多數情況下沒有任何臨床表現，當體積增大到2cm以上時往往會合併有腎積水，或反覆長期的鏡下血尿等臨床表現。輸尿管結石往往具有強烈的腰腹痛、噁心、嘔吐以及肉眼血尿等表現，而膀胱結石的特徵性表現主要是排尿過程中的尿流突然中斷。

尿道結石最為罕見，一旦發生通常表現為尿線突然中斷，而且不能自主排尿，甚至出現急性尿瀦留的症狀。所以泌尿繫結石要根據患者的臨床症狀來初步判斷結石的部位，但更重要的是需要接受B超和CT這樣的常規檢查，來判斷結石的部位、數量和大小，為後期治療方案的制定奠定基礎。