念珠菌感染用什麼藥最好取決於感染念珠菌的類型，如果感染的是白色念珠菌、熱帶念珠菌、近平滑念珠菌，或者季也蒙念珠菌，對常用的三唑類的抗真菌藥均比較敏感，比如氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑，以及泊沙康唑，但一般首選氟康唑，氟康唑可以透過血-腦屏障，對於上述真菌引起的中樞神經系統感染，也有非常好的療效。

如果感染的是光滑念珠菌或者克柔念珠菌，對三唑類的抗真菌藥物，均有一定程度的耐藥，所以一般首選棘白菌素類，比如卡泊芬凈或者米卡芬凈。

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