遺傳性小兒癲癇一部分是因為結構異常造成，屬於難治性的占25%。通過藥物，還有神經調控、手術的方法，只能夠改善症狀，不能夠治癒。還有75%的患者只是因為基因突變造成神經遞質的改變，沒有結構的異常，會發生良性的小兒癲癇，這種的遺傳性小兒癲癇的治癒率非常高。

到12歲的時候90%都可以治癒，到17歲99%的兒童良性的遺傳性癲癇都能治癒。所以總的來說，大部分的兒童小兒遺傳癲癇能治癒，有25%的患者屬於難治性，通過各種方法只能夠改善症狀，或者連症狀都不能改善。

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